Organisationen inom Mercurii-Orden är uppbyggd för att skapa struktur, trygghet och engagemang vid varje möte och aktivitet.
Ordens råd leder verksamheten och värnar om traditioner, utveckling och brödraskap.
Logerna är centrum för gemenskap, ceremoniellt arbete och reflektion.
Väpnarkåren bistår vid praktiska uppgifter och logearbete.
Sångkören förgyller möten med musik och tradition.
Nöjesskvadronen ansvarar för underhållning och särskilda arrangemang.
Tillsammans arbetar dessa grupper för att hålla Ordens anda levande.